(1) U veřejně prospěšného poplatníka nejsou předmětem daně
a) příjmy z nepodnikatelské činnosti za podmínky, že výdaje (náklady) vynaložené podle tohoto zákona v souvislosti s prováděním této činnosti jsou vyšší,
b) dotace, příspěvek, podpora nebo jiná obdobná plnění z veřejných rozpočtů,
c) podpora od Vinařského fondu,
d) výnos daně, poplatku nebo jiného obdobného peněžitého plnění, které plynou obci nebo kraji,
e) úplata, která je příjmem státního rozpočtu za
1. převod nebo užívání státního majetku mezi organizačními složkami státu a státními organizacemi,
2. nájem a prodej státního majetku,
f) příjmy z bezúplatného nabytí věci podle zákona o majetkovém vyrovnání s církvemi a náboženskými společnostmi.
(2) U veřejně prospěšného poplatníka je předmětem daně vždy příjem
d) z nájemného s výjimkou nájmu státního majetku.
(3) U veřejně prospěšného poplatníka se splnění podmínky uvedené v odstavci 1 písm. a) posuzuje za celé zdaňovací období podle jednotlivých druhů činností. Pokud jednotlivá činnost v rámci téhož druhu činnosti je prováděna jak za ceny, kdy dosažené příjmy jsou nižší nebo rovny než související výdaje (náklady) vynaložené na jejich dosažení, zajištění a udržení, tak za ceny, kdy dosažené příjmy jsou vyšší než související výdaje (náklady) vynaložené na jejich dosažení, zajištění a udržení, jsou předmětem daně příjmy z těch jednotlivých činností, které jsou vykonávány za ceny, kdy příjmy převyšují související výdaje.
(4) Veřejně prospěšný poplatník je povinen vést účetnictví tak, aby nejpozději ke dni účetní závěrky byly vedeny odděleně příjmy, které jsou předmětem daně, od příjmů, které předmětem daně nejsou, nebo předmětem daně jsou, ale jsou od daně osvobozeny. Obdobně to platí i pro vedení výdajů (nákladů). Pokud tato povinnost nemůže být splněna organizační složkou státu nebo obcí u jejich jednorázových rozpočtových příjmů, učiní se tak mimoúčetně v daňovém přiznání.
(5) S výjimkou příjmů z investičních dotací jsou předmětem daně všechny příjmy u veřejně prospěšného poplatníka, který je
b) veřejnou výzkumnou institucí,
c) poskytovatelem zdravotních služeb, který má oprávnění k poskytování zdravotních služeb podle zákona upravujícího zdravotní služby,